Оригинал (английский): Why Are Thread.stop, Thread.suspend, Thread.resume and Runtime.runFinalizersOnExit Deprecated?
http://docs.oracle.com/javase/1.5.0/docs/guide/misc/threadPrimitiveDeprecation.html
Почему не рекомендуется использовать Thread.stop?
Потому что это по своей сути небезопасно. Это приводит к разблокировке всех залоченных мониторов (исключение ThreadDeath пробрасывается вверх по стеку). Если любой из объектов, ранее защищенный мониторами, был в неустойчивом состоянии, таким его теперь могут увидеть другие потоки. Это может привести к неопределённому поведению, как скрытому труднообнаружимому, так и ярковыраженному. В отличие от других unchecked-исключений, ThreadDeath убивает потоки молча, так что пользователь может и не узнать, что его программа, вероятно, повреждена. Повреждение может проявиться в любое время после реальной аварии, через несколько часов или даже дней.